Μορφολογικά η περιοχή έχει ορεινό, ημιορεινό και πεδινό χαρακτήρα, καθώς περιβάλλεται από τους ορεινούς όγκους Βόρας (Καϊμακτσαλάν) 2.524μ. στα ανατολικά, Βαρνούντας (Περιστέρι) 2.334μ. στα βορειοδυτικά και Βέρνον (Βίτσι) 2.128μ στα νοτιοδυτικά.

Το κλίμα επηρεάζεται από τη γεωγραφική και υψομετρική θέση της περιοχής, σε συνδυασμό με τους μεγάλους ορεινούς όγκους και την παρουσία των λιμνών στις Πρέσπες και στην περιοχή του Αμυνταίου. Είναι καθαρά ηπειρωτικό, με ψυχρούς χειμώνες, πολλές βροχοπτώσεις και χιόνια. Η μέση ετήσια θερμοκρασία 11,5° C, αν και υπάρχει αισθητή διαφορά μεταξύ των τριών υψιπέδων Αμυνταίου, Φλώρινας και Πρεσπών. Η παρουσία των λιμνών επηρεάζει θετικά το μικροκλίμα των γειτονικών τους περιοχών, προσφέροντας ηπιότερες συνθήκες κατά τη διάρκεια του χειμώνα, αν και κατά μεγάλες περιόδους ολικού παγετού οι μικρότερες παγώνουν.

Έξι λίμνες, οι εύφορες πεδιάδες των Πρεσπών με τον σπάνιο υδροβιότοπο τους, οι ορεινοί όγκοι με τα ορειβατικά ευρωπαϊκά μονοπάτια Ε4 και Ε6 σε συνδυασμό με το κλίμα και τις εναλλαγές του τοπίου, κάνουν την περιοχή πρόκληση για τον επισκέπτη.

Οι κυριότεροι οδικοί άξονες που συνδέουν τη Φλώρινα με άλλες περιοχές της Ελλάδας είναι:

• Θεσσαλονίκη - Έδεσσα - Φλώρινα (171χλμ)
• Θεσσαλονίκη - Βέροια - Κοζάνη - Φλώρινα (194χλμ)
• Αθήνα - Λάρισα - Κοζάνη - Φλώρινα (560χλμ)
• Ιωάννινα - Κοζάνη - Φλώρινα (221χλμ)

Υπάρχουν, επίσης, καθημερινά δρομολόγια των ΚΤΕΛ που συνδέουν τη Φλώρινα με την Κοζάνη, τη Θεσσαλονίκη και την Αθήνα.